Hasonlósan más országokhoz, Csehszlovákiában is 1989 volt a „fordulat éve”, lezajlott a rendszerváltás, véget ért a kommunista diktatúra. Ebben játszott fontos szerepet 1989. november 17-e, az ún. bársonyos forradalom, amikor emberek tömegei az utcán követelték a politikai változásokat. A rendszerváltó aktivisták között nagy számban találunk szlovákiai magyarokat is, akik tehát szintén hozzájárultak a demokratikus átalakuláshoz. Ekkor alakult meg a Független Magyar Kezdeményezés (FMK) nevű mozgalom, melyből később a Magyar Polgári Párt lett. 1990-ben pedig újabb két párt alakult: az Együttélés Politikai Mozgalom és a Magyar Kereszténydemokrata Mozgalom. A többpártrendszer megjelenése tehát a szlovákiai magyarokat is rögtön aktivizálta, ők is részt vettek az alakuló politikai versenyben.
1993. január 1-jén újabb fordulópont következett a szlovákiai magyarság életében, ugyanis megalakult az önálló Szlovák Köztársaság. Vagyis a csehek és szlovákok közös „házassága” véget ért, Csehszlovákia felbomlott, megalakult az önálló Csehország és Szlovákia. Ez lényegében két politikus egyezsége volt: szlovák részről Vladimír Mečiar, a csehek oldaláról pedig Václav Klaus egyezett bele az eddigi közös állam szétválásába. Ez mind a szlovák és cseh társadalmat, mind a szlovákiai magyarokat megosztotta, viszont nem szólhattak bele a döntésbe, ugyanis nem írtak ki népszavazást ebben a kérdésben.
A Szlovák Köztársaság magalakulásával a szlovákiai magyarok helyzete csak rosszabbodott. A Vladimír Mečiar vezette szlovák kormány nacionalizmusa több magyarellenes intézkedést is magával hozott. Ez arra sarkallta a szlovákiai magyar pártokat, hogy fogjanak össze, és így át tudják lépni az 5 %-os parlamenti küszöböt. Az 1994-es választásokon már Magyar Koalíció (MK) néven koalícióban indultak, be is jutottak a szlovák parlamentbe. Mivel a Mečiar-kormány politikája már a szlovák társadalom nagy részét is felháborította, az 1998-as választások sorsdöntőnek bizonyultak. A három magyar párt már egyesült, megalakult a Magyar Koalíció Pártja (MKP), be is jutottak a törvényhozásba, sőt az ő segítségükkel is sikerült véget vetni a Mečiar-korszaknak, az addigi ellenzék kormányt alakított, az MKP egészen 2006-ig a szlovák kormány része volt.
