Come in altri Paesi, anche in Cecoslovacchia il 1989 è stato "l'anno del cambiamento", con la fine della dittatura comunista. La cosiddetta Rivoluzione di velluto del 17 novembre 1989, quando masse di persone scesero in piazza per chiedere un cambiamento politico, giocò un ruolo importante in questo senso. Un gran numero di attivisti ungheresi provenienti dalla Slovacchia furono tra coloro che contribuirono alla trasformazione democratica. In quel periodo fu fondato il movimento chiamato Iniziativa Indipendente Ungherese (FIM), che in seguito divenne il Partito Civico Ungherese. Nel 1990 si formarono altri due partiti: il Movimento politico per la convivenza e il Movimento cristiano democratico ungherese. L'emergere del sistema multipartitico mobilitò immediatamente gli ungheresi in Slovacchia, che parteciparono anche alla competizione politica che stava prendendo forma.
Il 1° gennaio 1993 si è verificata un'altra svolta nella vita degli ungheresi slovacchi, con la nascita della
Repubblica Slovacca indipendente. In altre parole, il "matrimonio" comune tra cechi e slovacchi ebbe fine, la Cecoslovacchia fu sciolta e si formarono la Repubblica Ceca e la Slovacchia indipendenti. Si trattò essenzialmente di un accordo tra due politici: Vladimír Mečiar per la parte slovacca e Václav Klaus per la parte ceca, che accettarono lo smembramento dell'ex Stato comune. Ciò ha diviso la società slovacca e ceca e gli ungheresi in Slovacchia, che però non hanno avuto voce in capitolo nella decisione, poiché non è stato indetto alcun referendum sulla questione.
Con la formazione della Repubblica Slovacca, la situazione degli ungheresi in Slovacchia non fece che peggiorare. Il nazionalismo del governo slovacco guidato da Vladimír Mečiar portò con sé diverse misure antiungheresi. Ciò spinse i partiti ungheresi in Slovacchia a unirsi per superare la soglia parlamentare del 5%. Alle elezioni del 1994, entrarono nel Parlamento slovacco in una coalizione con il nome di Coalizione ungherese (MK). Poiché le politiche del governo Mečiar avevano già indignato un'ampia parte della società slovacca, le elezioni del 1998 si rivelarono fatali. I tre partiti ungheresi si erano già uniti per formare il Partito della Coalizione Ungherese (MKP), furono eletti alle legislative e con il loro aiuto l'era di Mečiar finì, l'opposizione formò un governo e l'MKP fece parte del governo slovacco fino al 2006.
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