Al igual que en otros países, 1989 fue el "año decisivo" en Checoslovaquia: se realizó el cambio de régimen y terminó la dictadura comunista. El 17 de noviembre de 1989, llamado también la Revolución de Terciopelo, masas de personas salieron a las calles para exigir cambios políticos. Entre los activistas encontramos un gran número de húngaros de Eslovaquia, que contribuyeron a la transformación democrática. Fue entonces cuando se fundó un movimiento llamado Iniciativa Húngara Independiente (FMK), que más tarde se convirtió en el Partido Civil Húngaro. En 1990 se fundaron dos partidos más: el Movimiento Político de Convivencia y el Movimiento Demócrata Cristiano Húngaro. El multipartidismo activó inmediatamente a los húngaros en Eslovaquia, que también participaron en la competencia política.
El 1 de enero de 1993 llegó otro punto de cambio en la vida de los húngaros de Eslovaquia, cuando se estableció la República Eslovaca independiente. En otras palabras, el "matrimonio" de checos y eslovacos terminó, Checoslovaquia se disolvió y se establecieron la República Checa y Eslovaquia independientes. Se trataba esencialmente de un acuerdo entre dos políticos: Vladimír Mečiar, del lado eslovaco, y Václav Klaus, del lado checo, quienes acordaron la separación del estado común. Esto dividió tanto a la opinión pública eslovaca como a la checa, así como a los húngaros de Eslovaquia también, pero no pudieron opinar en la decisión porque no se convocó ningún referéndum sobre este tema.
Con el establecimiento de la República Eslovaca, la situación de los húngaros de Eslovaquia se volvió aún peor. El nacionalismo del gobierno eslovaco con el líder Vladimír Mečiar trajo consigo varios ordenes contra los húngaros. Esto impulsó a los partidos húngaros de Eslovaquia a unirse y así poder cruzar el umbral parlamentario del 5%. En las elecciones de 1994 se presentaron en coalición bajo el nombre de Magyar Koalíció- „Coalición Húngara” (MK) e incluso lograron entrar en el parlamento eslovaco. Dado que la política del gobierno de Mečiar ya había indignado a una gran parte de la sociedad eslovaca también, las elecciones de 1998 resultaron decisivas. Los tres partidos húngaros se han unido, se formó el Partido de Coalición Húngara (MKP), llegaron al parlamento y con su ayuda incluso lograron poner fin a la era de Mečiar. La oposición eslovaca con el MKP formó un gobierno de coalición, así los húngaros se quedaron en ello hasta 2006.
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